בית הכנסת היה מאז ומתמיד מקום תפילה עבור הקהילה. אולם יחד עם זאת, בית הכנסת מהווה סמל לחיים יהודיים, לרוב גם למי שאינם נוטלים חלק פעיל בחיי הדת. כאשר בתי כנסת נהרסים, זה סימן שהחיים היהודיים הללו מתחילים לדעוך.

בית הכנסת של זלצבורג ממוקם ב-Lasserstrasse 8, לא הרחק מלינצרגאסה ברובע שלמוס (Schallmoos).

המבנה המקורי של בית הכנסת הוקם ביוזמתו של היצרן הבוהמי איגנץ גלזר (1853-1916), שתרם משאבים כספיים ניכרים לפרויקט זה כבר ב-1891. עם זאת, רק ב-1901 הושלם פרויקט הבנייה. רק בחגיגות ראש השנה היהודית תרס"ב ניתן היה סוף-סוף להשתמש במבנה, שהקים פרופ' גוטליב וינקלר, כבית תפילה.

כל תכולת בית הכנסת נהרסה והחלונות נעקרו, כך שבעצם נותרו רק היסודות. לאחר סיום מלחמת העולם השנייה ניתן היה לבצע במבנה רק את העבודות הבסיסיות ביותר. בית הכנסת שופץ, תוקן ונפתח מחדש, כולל שיחזור של החזית ההיסטורית של המבנה, רק בשנים 1967 עד 1968, הודות לתרומה משמעותית של תורמים פרטיים.

בית הכנסת מתנהל כיום לפי הזרם האורתודוקסי, בהפרדה בין עזרת הגברים לעזרת הנשים בזמן התפילה. עזרת הנשים ממוקמת ממערב לחדר התפילה. לעזרות הגברים והנשים כניסות נפרדות מהצד הדרומי של הבניין.

חדר התפילה מצויד בספסלי ישיבה קבועים המצוידים במשטחים לספרים, המכילים בסך הכל 128 מקומות ישיבה, מתוכם 85 בעזרת הגברים ו-43 בעזרת הנשים. באמצע חלקת הגברים, מעל מפלס החדר, ממוקמת הבימה ועליה שולחן הקריאה בתורה. בצד המזרחי נמצא ארון קודש מצופה שיש, המעוטר בפרוכת תורנית עתיקה מעיריית דויטשקרויץ שבמחוז בורגנלנד.

בחלקו המזרחי של המבנה ניתן למצוא גם את משרדי הקהילה היהודית, אליהם ניתן להגיע גם דרך כניסה נפרדת.